灌溉施肥技术的成本较高，而农产品价格偏低，这是目前技术推广的最大障碍。农业生产本身也是一项经济活动。一项技术再好，如果用户不能产生经济效益也无法推广开去。目前，我国绝大部分的农用水是不收费或很低收费，因此，从节水角度鼓励农民使用节水灌溉收效不大，绝大部分是从节肥省工高效来考虑。但目前较高的成本使他们犹豫再三，不敢尝试。
1、设备成本包括设备来源（国产或进口）、系统寿命的长短、自动化程度的高低、材料的等级及规格等。以滴灌管为例，有些可以用15年以上，有些只能一年半载；同样的材料有些管壁厚有些壁薄；对内置滴灌管而言，滴头间距越小，成本越高。很显然，寿命长、管壁厚、滴头间距小的滴灌管价格就要高。
2、水源工程在水肥一体化系统的规划设计中，只要是符合农田灌溉水质标准的水都可以作为灌溉水源，如河水、井水、水库水、池塘水、湖水、降水等。很显然，水源工程越复杂，花费越多。一些地方需要打深井，一些要建引水渠，修蓄水池，拉电源等，所涉及的成本差异大。
3、作物种类包括种植作物的种类、行间距、年龄等。如单位面积茶园应用滴灌技术的成本要高于苹果，因为茶的行距远小于苹果，需要更多的滴灌管。蔬菜通常比果树成本高。
4、地形及土壤条件如土壤质地、地形坡度等。很显然在复杂的地形条件下可能需要消耗更多的材料且增加安装成本。与平坦地带相比，当高差很大时要用压力补偿式滴灌管，增加成本。土壤质地与滴头间距有关，砂土间距小，滴头多，相应成本增加。
5、地理位置交通不便的地方材料购置与运输困难，通常会大幅度增加系统成本。
6、系统规划设计一般来说，合理的设计可节省材料，系统的安装和运行成本相对较低；而不合理的设计通常导致材料的浪费，系统运行成本也会相应增加。
7、系统所覆盖的种植区域面积一般来说，无论种植区面积大小，都必须至少有一套灌溉施肥首部系统。面积越大，首部系统分摊到单位面积的成本就越少。
8、肥料在系统运行过程中，肥料的选择有多种，有普通肥或专用肥、进口肥或国产肥之分。一般而言，用普通肥料自行配肥是便宜的。但配肥需要有专业知识。
9、施肥设备和施肥质量要求在施肥设备中，既有简易的、低成本施肥装置，也有复杂的、价格相对昂贵的施肥机等。在施肥方式上，有按比例施肥和按数量施肥两种。总体而言，按比例施肥用的设备要比按数量施肥用的设备昂贵。
10、设备公司的利润；销售公司的利润包括灌溉材料、施肥设备、肥料等的利润；安装公司的利润等。